Religiøs frihet og toleranse har alltid vært et viktig prinsipp i Scientologis hjerte. Scientologis trosbekjennelse av 18. februar 1954, skrevet av L. Ron Hubbard, grunnleggeren av Scientologi-religionen, erklærer:
Vi i denne Kirke tror at: «Alle mennesker har en umistelig rett til sine egne religiøse praksiser og utøvelsen av dem.»
I sine skrifter og foredrag engasjerte han seg i å fremme og beskytte religiøs frihet og religiøs toleranse for medlemmer av alle trosretninger. For eksempel, i sitt verk Veien til lykke, en ikke-religiøs moralkodeks han skapte, skrev han:
Ethvert råd man kunne gi en annen om dette emnet [religiøs frihet] er sikrest når det ganske enkelt forfekter retten til å tro slik man selv velger. Man har full frihet til å fremholde sine egne overbevisninger for anerkjennelse. Man er i fare når man søker å angripe andres overbevisninger, og i enda større grad når man angriper og prøver å skade andre på grunn av deres religiøse overbevisninger. [1]
På samme vis har Scientologikirken mens den har eksistert, engasjert seg i aktiviteter om å fremme og beskytte religiøs frihet for alle rundt om i verden. Scientologer brenner for dette prinsippet, noe som viser seg i deres løfte om å «støtte religionsfriheten» til «det beste for alle.»[2]
[1] Veien til lykke, ¶ 18, L. Ron Hubbard, 1981. Se http://www.veientillykke.no/thewaytohappiness/precepts/respect-the-religious-beliefs-of-others.html.
[2] En scientologs kodeks, ¶ 12.