Scientologys opprinnelse daterer seg tilbake til 1930-årene da L. Ron Hubbard, amerikaneren som skulle bli grunnleggeren av Scientology, reiste rundt i Østen og spurte seg selv hvorfor mennesket levde et slikt elendig liv. Ingen hadde vært i stand til å besvare spørsmålene hans da han som en ung mann hadde spurt hvor mennesket kom fra og hvor mennesket var på vei.
I 1950 skrev hr. Hubbard en bok om et emne han kalte Dianetics («gjennom sinnet»), som var hans tidlige forskning på sinnet. Boken, Dianetikk: Den moderne vitenskap om mental sunnhet, ble svært populær og ble snart en bestselger, og har solgt mer enn 17 millioner eksemplarer. Etter som Dianetics-bevegelsen vokste og forskningen utvidet seg fra sinnet til ånden, ble et annet emne født – Scientology – og den første Kirken ble grunnlagt i USA i 1954. Kort tid etter det kom Dianetics til Japan for første gang, men den første formelle ekspansjonen med Scientology-misjonærer inn i Japan fant sted i 1962, noe som gjør dette til det egentlige startpunktet for Scientologys historie i Japan. 10. September 1962 ble det første offisielle foredraget om Scientology gitt til et fullpakket auditorium.
Ordet «Scientology» kommer fra det latinske scio, som betyr «å vite i ordets fulleste betydning», og det greske ordet logos, som betyr «å studere».
I boken Scientologi: Tankens grunnbegreper, forklarer hr. Hubbard at emnet faktisk stammer fra psykologis røtter, men at vi må forstå at det ikke stammer fra nåværende psykologi, men snarere fra en eldre psykologi slik den ble undervist i i verdens religioner før studiets åndelige essens ble fjernet i det forrige århundret.
Psykologi betyr i bokstavelig forstand «studiet av ånden». Dagens psykologi har nå mistet denne betydningen og hverken studerer eller anerkjenner ånden som et bona fide studiefelt. I denne forstand er Scientology veldig forskjellig siden den studerer ånden, slik de fleste store verdensreligionene gjør.
Religioner generelt aksepterer at menneskeånden er forbundet med dette universets store «livskraft». Ordet «ånd» er likevel vanskelig å definere. Noen vil hevde at ånden faktisk er menneskesinnet. Men i Scientology vil termen «ånd» bety «en selv», og den betyr mye mer enn kun sinnet. I en japansk shinto-religion, Seicho-no-Ie, uttrykkes den som det som ville bli oversatt til «et barn av Gud». Den ville tilsvare de japanske ordene «hime» eller «hiko». I Scientology lagde hr. Hubbard ordet thetan, fra gresk for ånd, siden intet annet eksisterende ord fullt ut beskriver det.
Religioner generelt aksepterer at menneskeånden er forbundet med dette universets store «livskraft». Noen vil hevde at ånden faktisk er menneskesinnet. Men i Scientology vil termen «ånd» bety «en selv», og den betyr mye mer enn kun sinnet.
Prinsippet med å lage nye ord for å forklare nye begrep som det ikke eksisterer noen ord for, er ikke nytt for religion. I Japan lagde mester Kobodaishi, grunnleggeren av Shingon (en svært gammel og tradisjonell, stor, esoterisk buddhistsekt), mange ord som trengte å bli utarbeidet slik at religionen kunne praktiseres.
Men likevel er det i Scientology på samme tid ikke lagd noe nytt ord for Gud. Skjønt det kan være at fundamentet Gud ikke er del av Scientology-studiet og at medlemmer kan ha sine egne ideer om hva denne termen er eller ikke er, er ordene som brukes for det: «Det høyeste vesen», det «uendelige», «altets allhet», «universets opphavsmann» og naturligvis «Gud».
Til forskjell fra andre religioner har Scientology ingen spesiell dogme om begrepet Gud, men lar personen snarere utvikle sin egen forståelse av hvordan han passer inn i universet og tingenes natur. Fra der kan tro følge. Derfor ser Scientology-studenter ut til ikke bare å komme fra alle samfunnslag og nasjonaliteter, men fra svært ulike religiøse bakgrunner. Det å være medlem av mer enn én religion er veldig vanlig i Japan og Østen. I tråd med denne tradisjonen gir noen japanske Scientology-studenter heller ikke opp sine andre religioner, men har ut fra det denne forfatteren kan forstå, brukt sine studier av Scientology til å styrke sitt forutgående religiøse engasjement og sin tro på Gud. Dette er i begrepet noe likt det som praktiseres i den relativt nye shinto-religionen Seicho-no-Ie som også har tilhengere som kommer fra buddhistiske, kristne og andre trosretninger.
